學校傳統(tǒng)學科優(yōu)勢在臨床醫(yī)學，為全國第二批次臨床醫(yī)學一級學科博士授權點。改革開放以來，學校已形成新的優(yōu)勢學科，即生物醫(yī)學工程一級學科，該學科將產(chǎn)、學、研及科技轉(zhuǎn)化有機地結(jié)合在一起，擁有原創(chuàng)性的知識產(chǎn)權產(chǎn)品和多項發(fā)明專利，并形成產(chǎn)業(yè)化，在學科發(fā)展壯大的過程中，產(chǎn)生了對學科發(fā)展有巨大推動的學術群體和創(chuàng)新團隊。學校的學科發(fā)展勢頭良好，口腔醫(yī)院并入學校后，已獲得口腔醫(yī)學一級學科碩士點。

學校擁有4個國家級重點學科：內(nèi)科學（傳染�。�、兒科學、神經(jīng)病學、臨床檢驗診斷學；特別是兒科學和臨床檢驗診斷學居于國內(nèi)領先水平。

博士點

一級學科博士點:生物醫(yī)學工程、臨床醫(yī)學、基礎醫(yī)學、護理學

生物醫(yī)學工程（可授工學、理學、醫(yī)學學位）：超聲醫(yī)學、組織工程與細胞工程、生物制藥與生物醫(yī)用材料、生物醫(yī)學信息技術、物理醫(yī)學 。

基礎醫(yī)學：病原生物學

臨床醫(yī)學：內(nèi)科學、兒科學、老年醫(yī)學、神經(jīng)病學、精神病與精神衛(wèi)生學、皮膚病與性病學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、臨床檢驗診斷學、護理學、外科學、婦產(chǎn)科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫(yī)學與理療學、運動醫(yī)學、麻醉學、急診醫(yī)學、全科醫(yī)學。

藥學：藥理學

博士后科研工作站：臨床醫(yī)學、生物醫(yī)學工程、藥學、基礎醫(yī)學、護理學

國家重點學科

內(nèi)科學（傳染�。� Infection Disease

該學科于1956年由上海醫(yī)學院著名傳染病學專家錢德教授、劉約翰教授、張定鳳教授、王其南教授來渝創(chuàng)建。現(xiàn)下設病毒性肝炎研究所、傳染病與寄生蟲病研究所以及省部共建感染性疾病分子生
物學教育部重點實驗室，同時也是《中華肝臟病雜志》承辦單位和編輯部所在地。1979年獲碩士學位授予權， 1981年獲博士學位授予權。1989年被評為首批國家級重點學科，2002年再度入選。

兒科學 Peadiatrics

1956年，上海第一醫(yī)學院兒科系全遷來渝創(chuàng)建重慶醫(yī)學院兒科系，成為全國最早建立的四大兒科系之一，是衛(wèi)生部、聯(lián)合國兒童基金會在中國最早建立的四大兒童急救中心之一。當年，一批矢志建設西部、發(fā)展西部兒科醫(yī)學事業(yè)的開拓者來到這里，他們是：首任院長、第一任《中華兒科雜志》主編陳翠貞教授、中國小兒外科奠基人之一王贊堯教授、全國知名小兒傳染病專家石美森院長、消化病專家徐谷教授、腎病專家沈錦教授、新生兒病專家吳仕孝教授、血液病專家張錦教授、兒童保健學專家鄭惠連教授、小兒傳染病專家陳季方教授等。

臨床檢驗診斷學

該學科是國家級重點學科。1983年經(jīng)國家教委批準首批設置本科專業(yè)
，1986年、1990年先后在全國首批獲準臨床檢驗診斷學碩士、博士學位授權，1992年、1999年成為四川省、重慶市的重點學科，2000年被評為重慶市重點實驗室，2001年被評為重慶市“十五”期間重點建設的12個重點學科之一，2002年被評為本專業(yè)唯一的國家級重點學科，2005年，臨床檢驗診斷學實驗室獲教育部省部共建重點實驗室立項。該學科點的發(fā)展代表了中國檢驗醫(yī)學高等教育的發(fā)展歷程。

神經(jīng)病學 neurology

重慶醫(yī)科大學神經(jīng)病學為國家重點學科（2007）。重慶醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科是醫(yī)院的重點、特色學科。該科室始建于1958年，由我國著名神經(jīng)病學專家傅雅谷、沈鼎烈、徐越和董為偉教授從上海第一醫(yī)科大學華山醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科來渝創(chuàng)建，經(jīng)過半個世紀幾代人的努力建設，現(xiàn)科室擁有重慶市唯一的神經(jīng)病學重點實驗室及西南地區(qū)唯一的神經(jīng)病學研究所。作為集醫(yī)療、教學、科研為一體的專業(yè)性科室，我們各方面的條件長期以來都處于國內(nèi)領先水平，所取得的成績在國內(nèi)及西部地區(qū)同類學科中均名列前茅。另外，科室還與美國哈佛大學醫(yī)學院附屬麻州總醫(yī)院、美國Johns Hopkins University醫(yī)學院、美國Miami University醫(yī)學院、美國Sunnyvale帕金森病研究所建立了良好的雙邊學術交流合作關系。至此，該科在西部地區(qū)乃至全國都享有盛譽。